Materi yang dibahas dalam buku ini diawali dengan perkenalan dengan mikrobiologi, dilanjutkan materi protista prokariotik (bakteri), protista eukariotik (cendawan, protozoa, algae), virus, pertumbuhan mikroba, metabolisme mikroorganisme, genetika mikroba, pengendalian mikroorganisme, ekologi mikroba, peranan mikroba dalam bidang pertanian, dan pengenalan rekayasa genetika. Materi pada BAB I, II, III, dan IV berisi subjek kajian (mikroorganisme) yang akan dibahas pada bab-bab berikutnya, sedangkan bab V, VI, VII, VIII , IX memuat berbagai hal yang berkaitan dengan mikroorganisme meliputi perkembangan, metabolisme, genetika, ekologi, dan pengendaliannya. Dengan menguasai materi pada bab-bab terdahulu, dapat mempermudah aplikasi pada perencanaan pertanian berkelanjutan atau diterapkan pada bidang pertanian lain yang diuraikan pada bab X dan XI.